转基因和杂交有本质的区别。转基因是把外源基因人为地导入目标生物体中并使其表达，从而创造新品种；杂交是把基因型不同的两个个体通过染色体基因重组而选育新的基因型，没有外源基因的导入。由于所使用的技术有本质的区别，产生的作物种子也就全然不同。

杂交是不改变基因序列的，就像马和驴生骡子，虎和狮子生狮虎兽，而转基因是一种生物体内的基因转移到另一种生物或同种生物的不同品种中的过程，一个是从繁殖的个体形式，而转基因是从细胞水平上讲的。

转基因技术的理论基础来源于进化论衍生来的分子生物学。基因片段的来源可以是提取特定生物体基因组中所需要的目的基因，也可以是人工合成指定序列的DNA片段。

杂交是，两条单链DNA或RNA的碱基配对。遗传学中经典的也是常用的实验方法。通过不同的基因型的个体之间的交配而取得某些双亲基因重新组合的个体的方法。

区别很大，马和驴生出来的叫骡，这叫杂交。如果在马和驴的受精胚中加入鱼的基因，那就是转基因，生出来的就是怪物。为了食品安全请别种植转基因作物。

传统的杂交和选择技术一般是在生物个体水平上进行，操作对象是整个基因组，不可能准确地对某个基因进行操作和选择，对后代的表现预见性较差。