本片剧情接续电影【亚特兰蒂斯:失落的帝国】。故事是发生在Milo与Kida留在亚特兰提斯之后的事情。几艘货船途经亚特兰提斯北方的海面遭受攻击，於是Milo 、Kida跟随来访的探险小组一同展开调查，却发现攻击者并不是机器龙虾，而是其他神秘的力量。渡过这次危机之后，Kida 为了找出魔幻水晶最适合的安排方式，便和 Milo 与探险队员踏上旅程，她要查出为何当初她父亲要把水晶隐藏起来，害他们的文明差点毁灭。他们也要做出决定，到底该把魔幻水晶拿来运用呢?还是将其永远隐藏起来?