《蜘蛛侠:英雄远征》片尾有两个彩蛋，分别是在正片结尾，以及演职员表结束后出现。第一个彩蛋是蜘蛛侠的真实姓名曝光，并被诬陷为杀害英雄的大反派。第二个彩蛋是地球上的尼克·弗瑞是斯库鲁人变的，真正的尼克·弗瑞则是身处宇宙战舰中与斯库鲁人有着合作。

第一个彩蛋内容：蜘蛛侠来到了纽约的街头，他在街头屏幕上看到了一则新闻，新闻内容是大反派“神秘客”同伙上传到视频网站的一段视频。在视频中，神秘客诬陷蜘蛛侠利用史塔克的武器系统杀掉了自己，并且公布了蜘蛛侠的真实身份——彼得·帕克。公布的消息让蜘蛛侠十分吃惊，因为在这一部电影中他一直想要继续维持目前的身份，不被世人知道。

第二个彩蛋内容：《惊奇队长》电影中出现的斯克鲁人，即可变身成任何外形的外星人。其中两位变身装扮成了尼克福瑞以及特工希尔，他们和真正的福瑞局长打电话，称地球上的事情基本办妥了，但稍微出现了一点意外(蜘蛛侠身份被曝光)，他们说这超出自己的能力范围。但电话另一头的尼克福瑞挂断了电话。接着画面转到了福瑞局长，他正在和另外的斯克鲁人一起出现在飞船中，剧情应该是衔接《复联4》之后，但和惊奇对战有关，暗示的是《惊奇队长2》电影的内容，会发生在地球之外的其他星球，尼克福瑞也会出现在《惊奇队长2》中。

第一个彩蛋定位了蜘蛛侠今后成长之路上的艰辛。第二个彩蛋则把漫威电影宇宙今后的故事剧情由地球转移到了宇宙之中。弗瑞局长为何身处宇宙深处，又为何让斯库鲁人假扮自己呢？

其实在斯库鲁人与弗瑞局长通电话的时候就说了，真正的身处宇宙中的弗瑞局长很忙，假扮弗瑞局长的斯库鲁人只是听从命令，把钢铁侠留下的眼镜交给蜘蛛侠。不过在地球的，假扮弗瑞局长的斯库鲁人遇到了一个麻烦事情。进退维谷的斯库鲁人把眼镜交给蜘蛛侠后，还要把地球的危机给处理了，因此才有了蜘蛛侠英雄远征这部正篇。

而第二个彩蛋还有着更深层次的意义。大家都知道尼克·弗瑞是神盾局的前任局长。神盾局全称是国土战略防御攻击与后勤保障局，主要职责是处理地球上的各种奇奇怪怪的事件，管辖范围是地球。

而弗瑞局长在彩蛋中出现在一艘满是斯库鲁人的宇宙战舰之中，并且弗瑞局长工作非常繁忙，仅有的休息时间还是要靠全息摄影模拟沙滩环境等。弗瑞局长出现在宇宙中，有外星人，工作繁忙等关键词共同导向了一个结果，那就是成立天剑局。

天剑局是漫威漫画中的宇宙观测，解决星际纠纷的组织。在漫画中出现，但还未在漫威电影宇宙中出现。因此这第二个彩蛋的意义就是要把视角由地球转到宇宙中来，讲述有着惊奇女士、神奇队长等超能力者为主角的故事。

天剑局的成员是由外星人和地球人组成，彩蛋中又有着地球人尼克·弗瑞和外星人斯库鲁人，弗瑞前往宇宙基地与斯库鲁人一起工作，大概率是协助他们成立天剑局。漫威电影宇宙的故事从地球来到宇宙中，处理宇宙之中发生的繁杂的事务。这或许就是第二个彩蛋所表达的，漫威电影宇宙第四阶段的剧情走向。