《倚天屠龙记》原著改了两次，结局也不同。第一版结局：小昭与蛛儿离去，周芷若削发为尼，张无忌担任峨眉掌门，并将明教教主之位传给杨逍。最后一幕是张无忌与赵敏在房中情画柳眉。第二版结局：小昭与蛛儿依然离去，张无忌辞去教主之位，远离义军大事。最后一幕张无忌与赵敏于房中情话时，周芷若忽然出现在窗外，张无忌百感交集。第三个版本延续第二版结局，在第二版的基础上增加了一些情节。

金庸的小说大致分为三个版本，第一个为最初的连载版，是刚写出来在报纸上发表的，俗称旧版；第二个版本是在写完《鹿鼎记》之后将连载版修订整理成册的版本，这一版主要是改动连载版中出现的错漏情节及字句，偶有些结局也做了稍许修改，俗称修订版；第三个版本是在世纪之交时对修订版所做出的修改，于2006年全部完成，称为新修版。

第一个版本结局中，几女之间的仇怨俱已化解，蛛儿的脸虽然被周芷若划伤，但也清去了她脸上的毒素。小昭去了波斯，蛛儿去了西域，周芷若在张三丰的训斥下削发为尼，并以张无忌欠她的一个承诺为由让张无忌担任峨眉掌门，张无忌在张三丰等人的支持下拜了郭襄祖师继承了掌门之位，带着峨眉众人及赵敏回了峨眉，并将明教教主之位传给了杨逍。最后一幕是张无忌与赵敏在房中情画柳眉。

第二个版本的结局与第一个版本有些不同，小昭与蛛儿依然离去，张无忌并没有接任峨眉掌门，他被朱元璋算计，于是辞去教主之位，远离义军大事。后与赵敏于房中情话时，周芷若忽然出现在窗外，格格轻笑，说：“无忌哥哥，你可也曾答允了我做一件事啊。”张无忌一时百感交集，心头颤动，望着赵敏又望着周芷若，手中的笔悄然落地。

第三个版本中是在第二个版本的基础上加了些情节，就是周芷若向张无忌提出了她让张无忌做的一件事，这件事就是张无忌永生不得和赵敏成亲，除此之外他们在一起生孩子都可以，就是不能拜堂成亲，因为周芷若要让张无忌永远记得她。至于张无忌与赵敏有没有去蒙古，书中并没有说。最后加入了张无忌的一段臆想，他臆想着与四女的情意，臆想着小昭不做圣女教主了，臆想蛛儿回来找他。