黄四郎没有死，穿着汤师爷的衣服出现在了火车上,汤师爷的没有说完的第一个秘密是老二是他告密害死的，第二个秘密是他喜欢花姐，花姐是卧底。花姐给黄四郎的礼盒里面装的是两颗钻石，黄四郎一看就知道花姐已经搞定了汤师爷和老二和老三，于是便假装卖个人情给花姐放过老二和老三。花姐没有搞定老二，因为老二是同性恋。

八匹纯血高头白马四蹄翻飞，车轮与铁轨撞击隆隆作响，两节火车正以“马拉火车”的梦幻奇景奔腾在南部中国的崇山峻岭之间。火车车头的烟囱里蒸汽蒸腾而上，不过这蒸汽的来源其实是车厢内巨大的火锅。火锅旁围坐着买官上任的老汤（葛优饰），以及他的夫人（刘嘉玲饰）和师爷。志满意得的老汤不知道，一场危机正在等待着他，他们的命运也将从此改变。就在老汤等人在火车内饮酒作乐之时，绿林侠匪张牧之率领众兄弟们埋伏在山谷两侧。几声枪响划破天际，随着张牧之“让子弹飞一会儿”的话音落下，一场让人眼花缭乱的劫案就此展开。

火车腾空而起跌落水中，老汤和夫人成了张牧之阶下囚。为求保得性命，老汤灵机一动谎称自己是师爷，和张牧之踏上了进城当官的县长之路。张牧之从麻匪摇身一变化名清官马邦德上任鹅城，而他和老汤之间的关系也从生死宿敌变搭档。上任鹅城，张牧之踌躇满志；而镇守鹅城的恶霸黄四郎（周润发饰），则虎视眈眈。号称南国一霸的黄四郎，靠走私军火和贩卖华工起家，在军阀割据的年代里权倾一方。他门客云集、拥兵自重；欺男霸女、横行乡里。

独孤求败的黄四郎对这个胆敢买官上任的“马邦德”充满兴趣，他以为此人不过又是一个只来掠夺钱财的草包，全然不知马的真实身份竟是悍匪张牧之。心怀鬼胎的“师爷”老汤则在权衡着张牧之和黄四郎之间，谁才会赢到最后。原本只想捞些实利的张牧之，上任鹅城之后却雄心百倍，黄四郎及其乡党欺男霸女的所作所为，激起了张牧之从未泯灭的救国救民热情。

他白天是福尔摩斯般的清官，审冤断案；晚上是罗宾汉式的悍匪，劫富济贫。此番种种举动当然触犯了黄四郎的利益，两种势力在鹅城水火不容，刀锋相见，两边连番使出美人计、双簧计、空城计等种种计策，双方你来我往斗智斗勇，一桩桩命案在鹅城接连发生，火拼械斗也不断升级。充满诱惑和欲望的鹅城，宛如北洋时期烽火连天中国的缩影。绿林侠匪张牧之和南国一霸黄四郎的争斗高潮迭起，悬念丛生；通天大骗老汤的选择也不停左右胜负的天平。

在他们争斗的过程中，贩夫走卒、青楼鼓女、莽汉说客一一登场，激烈的枪战之中穿插着感人至深的乱世儿女情长，艳阳楼花姐和县长夫人乱世红颜的命运让人扼腕叹息。在一系列的惨烈的牺牲和焦灼的对峙之后，张牧之终于迎来了和黄四郎血脉贲张的大决战。英雄的传说总是被人传颂，而曲终人散之后，张牧之才明白了自己最终需要的是什么