《巨蟒大战恐鳄》故事描述一个动物保护主义者(Debbie Gibson)偷偷将宠物商店里的缅甸巨蟒放入佛罗里达沼泽地里，破坏了当地的生态平衡。为了给自己的未婚夫报仇以及保护自己喜爱的短吻鳄，当地的护林员(Tiffany)给它们注射激素，导致它们的身体快速生长。巨蟒和恐鳄爆发一场大战，两个女人也打得不可开交。