《神魂合体第2季》讲述了杏奈从基地出走后得以经过了三个月，三个月以前发生的大群拟态兽的战斗，由于刚和米拉活跃表现使得战斗一时的休止了。但是 米拉因为不明原因的病症经常会失去意识。就在这时 拟态兽的出现使基地陷入新的危机，抱着最后的希望，静流去迎接杏奈，但是，结果杏奈能不能拯救Godannar的最大的危机，再次回到基地呢?这个时候 封印的机器人从沉睡中醒来…