在很久很久以前，还没有神奇宝贝球的时代，有一场神奇宝贝大战。勇者亚朗和他的神奇宝贝路卡利欧，为了阻止大战，藉着波导的力量努力让战争平息，人们也因此称亚朗为"波导的勇者"。 百年之后，小智和皮卡丘一行人来到欧鲁德朗城，参加为了赞颂勇者亚朗而举行的神奇宝贝对战和庆典。小智在对战中赢得了胜利，被封上"波导的勇者"的称号，并获得在祭典时拿着"勇者之杖"化身勇者的权利。 就在举行盛大的庆典之时，被封印在"勇者之杖"中的神奇宝贝路卡利欧竟然在小智的眼前苏醒，并说出百年前亚朗弃城潜逃的秘密!?