在新版《尼基塔》中，尼基塔(Maggie Q扮演)曾经是一个性格叛逆、野性难驯的少女，因为犯下重罪，被联邦法院处以死刑。一家秘密间谍机构从死囚大牢中将尼基塔救出来，伪造了她的死亡，给予她「重生」的机会。没人知道这家间谍机构的真实来历，只知道它被称作「组织」(Division)。

「组织」告诉尼基塔:要想活命，她就必须为她的祖国效命。但是他们没有告诉尼基塔，她将会被训练成一个间谍、一个刺客。

在最关键的时刻，「组织」出卖了尼基塔!尼基塔这才发现，她自认为这世界上唯一可以相信的人竟然一直在欺骗她，令她伤心欲绝。在躲藏了三年之后，尼基塔突然重现江湖，向以前的雇主展开无情的报复--她决心不惜一切代价揭发他们的阴谋，彻底摧毁这个秘密组织。