数学荒岛历险记3是《荒岛历险记》数学系列的第三部作品，是一部凝合了数学科普教育与少年励志为创作主题的动画连续剧。故事承接了第一部和第二部的剧情。

讲述了博士只做了3分钟"世界之王"，就立马被打回原形了。原来愿望之码一旦被激活，便可掌控自己的意愿，它告诉大家，要想获得真正的愿望，必须要比赛答题。答对1道数学题，可以实现1个3分钟的愿望，答对8道数学题，可以实现1个永久愿望。
由此，博士和罗克双方才开始真正的较量。国王、花花、依依、小强等荒岛伙伴能适应地球的新生活吗?罗克和UBIQ又会如何迎接新挑战，解除荒岛危机呢?而博士也拉拢了一个新帮手，博士经典的愚蠢阴谋功力会不会大增呢?摆脱各方控制的愿望之码，又将会有怎样令人称奇的表现?新危机，新挑战，新故事，一场全新的数学较量马上就要展开了。