影片《女儿蛊》是一个关于"放蛊"的凄美故事。讲述的是20世纪30年代，从京城来的民俗专家、画家及女记者一行三人，来到保靖县吕洞山地区考察传说中的苗族"放蛊"。"蛊"是一种"毒药"，其中有一种"蛊"被称作"女儿蛊"--山里的女人为留下心爱的人而放的一种"蛊"，男子一旦被放"蛊"，就走不出大山。

画家林小波偶遇在温泉里洗浴的苗女山妹，就将她画了下来。按寨里的规矩，偷看女子洗浴要被挖去双眼。但山妹喜欢上了这个画家，不忍告密。然而暗恋山妹的苗族青年岩宝揭发了小波。关键时刻，当年曾受过此刑罚的符阿公为小波辩解，小波被释放，但所有画品被焚毁。山妹希望能留下画家，但画家有远大的抱负，不可能留在这片深山老林里。山妹很痛苦，就向母亲寻求女儿蛊，想以此来留住心上人……画家一行最终还是走了。其实画家也深爱着山妹，在走后的日子里，画家看着自己为山妹画的画，因思念过度而自杀。山妹留在大山等了一辈子，渐渐老去。