在最后的决战阶段，警方用双重掉包法成功让姚可仪再次黑入特工帝国的系统，并在生死最后一刻将文件传输给了警方。警方获得了机密文件后消灭了神秘组织，救出了井进贤的女儿。另一边，程滔与井进贤在逃离追杀的过程中受了重伤，最后用尽力气把反派demon架着被牛给撞死了。最后的镜头停留在了他们爱玩的魔方上，以开放式结局结尾。

一份暗网解锁的黑警信息，令警界陷入前所未有的恐慌。为保护证据，警司程滔（张家辉饰）陷入危机，其师父叶志帆（吴镇宇饰）与兄弟井进贤（古天乐饰）亦因此交恶。警界内部敌友难分。随着调查深入，一个多年来隐于幕后的恐怖组织渐渐浮出水面，以及一段儿时尘封的回忆引出隐藏着的惊天秘密。

影片一开始，并没有指明古天乐和张家辉哪一个是黑警，而是在剧情的跌宕起伏中，让两人的身份始终保持神秘感，直到影片中段，我们才获知真相。这种迷惑观众视线的手段在第一部中同样使用过，对第一部有印象的观众应该还记得，古天乐和张家辉同属黑帮贩毒组织，但是其中有一个是“遗漏的使徒”，有一个却在混淆警方视听，从中牟利。

不过今次的第二部没打算让这个谜底显得过于曲折，古天乐和张家辉的身份只是影片上半部分的猜谜乐趣，下半部分靠的，是动作场面，以及兄弟情深的燃情桥段。

可以明确地说，《使徒行者2》比起第一部，在动作场面上要有意思的多。

比如缅甸仰光的街道枪战戏份，其实单从枪战的新颖度来看，并非噱头稀奇，前所未见，而是在于剪辑的效果。这场戏份分别是警方的支援直升机、古天乐张家辉的射击，还有匪徒们环绕四周的射击和轰炸，总共三个行动单元，并不算很多，然而画面在特写、近景、中景之间快速变换，节奏感明显，有着张彻在《独臂刀》处理方刚与罗氏四虎于酒肆打斗的那段剪辑效果，只是在本片中，剪辑的速度感明显要快上三倍。

同时，子弹射击声、子弹射入身体声、射入车辆金属声，以及手榴弹等各种音效，皆随着画面的快速切换，形成“大珠小珠落玉盘”的节奏感，此时，枪战的写实性反倒显得并非很重要，我们并不需要它像杜琪峰在《大事件》一开场那段15分钟长镜头的写实调度，只需要一种蒙太奇的舞蹈和音效的摇滚质感。

在最后的决战阶段，警方用双重掉包法成功让姚可仪再次深入黑入特工帝国的系统，但传输过程中被特工帝国的恐怖分子袭击，危机关头姚可仪决定返回车内，在防弹车只剩下1%的防护能力时将文件传输给了警方、但是电影中只给出了一声爆炸声，却没有交代姚可仪的生死问题。

警方获得了机密文件后阻止了炸弹悲剧的发生、消灭了神秘组织、清理了内部黑警，也救出了井进贤的女儿。

程滔与井进贤在逃离追杀的过程中受了重伤，程滔更是被牛角顶伤了腰部。就在两人兄弟叙旧的时候，井进贤被demon一枪爆头，最后程滔与井进贤两人用尽力气把反派demon架着被牛给撞死了。程滔和井进贤奄奄一息，但导演并没有给我们阿井与阿滔死亡的确切镜头，给了我们相信阿井和阿滔还活着的美好愿望的理由。

最后的镜头停留在了他们爱玩的魔方上，以开放式结局结尾。

关于魔方，最深的梗藏在影片的最后一个镜头中：

这个每一面只留一个异色模块在中央的梗串联了《使徒行者》电影版两部曲。

在第一部中，阿钉回忆曾看过康Sir单手玩魔方拼出这个图案。康Sir说道：“这是我儿子教我的，他说这个中心点是他，代表我可以一直保护他。”

这个梗用在第二部里，也就是上文提过大结局的那个魔方镜头，显然表达的是程井二位兄弟对彼此默默的守护。即使阴阳两界，这份情谊依旧弥足珍贵，永不褪色。