影片开头的女尸是连阿云，连阿云和林慧两个人发生了争执，混乱中林慧错手把连阿云给杀了。杀死开发区唐主任的凶手其实是唐主任的女儿小诺，小诺亲手把养父推下了楼。

《风中有朵雨做的云》，故事一开篇就充满了浓郁的导演的审美风格，全片的镜头也是以充满了纪录片的风格，身边的观众不时在说“这镜头也太晃了……”，而在娄烨的独特视觉审美风格下，是一个关商勾结的犯罪故事。

电影以一对小情侣去树林里深入的“聊聊人生、聊聊理想”开始，没想到两人在不可描述时突然发现了一具烧焦的女尸？

很快故事又出现了第二个悬念，唐主任在率领一群人去城中村做拆迁时，发生了激烈的对抗和冲突，唐主任在处理了激愤的村民后，独立去楼上视察，却从楼上摔下身亡，谁杀死了开发区唐主任？成为本片的第二个悬念。

作为本片的第一男主角井柏然饰演的警察林家栋，负责调查唐主任的死，有人说唐主任的好友地产开发商姜紫成有很大悬疑。

姜紫成是紫金置业的老板，也是唐主任的好友，他为什么要杀死唐主任？既然是好友，似乎杀人的动机也不明确，只能说是有嫌疑。

故事的时间来到了30年前，唐主任、林慧、姜紫成是三个好朋友，林慧由宋佳主演，长得漂亮又是出了名的交际花，所以唐主任和姜紫成都喜欢上了林慧。

但是，林慧在他们两个好友里面只能二选一，没想到林慧做了一个十分大胆的决定，林慧把身体给了姜紫成，把婚姻给了唐主任，林慧和唐主任结了婚。

没想到，姜紫成在一段时间后，从台湾带了一个女人回来，并且变成了富商，这个女儿就是连阿云，由陈妍希主演，可以说陈妍希在剧中的突破还蛮多的。

陈妍希实际上是西门町的一个****，是姜紫成在夜总会喝酒时看到的，于是就走到了一起。

回来之后的姜紫成已经变成了富商，一边和唐主任一起合作开发房地产，一边更可怕的是，姜紫成对林慧念念不忘，于是发生了不该发生的事情，给唐主任带了绿帽子。

天下没有不透风的墙，唐主任对于姜紫成和自己老婆的事情一清二楚，愤怒的唐主任于是对陈妍希饰演的连阿云产生了想法，于是在夜总会包房里，告诉了连阿云自己老婆和姜紫成旧情复燃，他们有一腿。

愤怒的连阿云也是一不做，二不休，和唐主任在包房里也发生了关系，之后连阿云去找姜紫成对质，但是姜紫成根本没有把连阿云放在心上，姜紫成心里只有林慧，他们是老情人了，所以对连阿云十分冷淡。

连阿云在和姜紫成谈崩后，愤怒的把姜紫成和唐主任的黑账给翻了出来，要去举报他们关商勾结，没想到连阿云遇到了林慧，两个发生了争执，混乱中林慧错手把连阿云给杀了。

所以开头的女尸的真相也是付出了水面，竟然是女神陈妍希饰演的连阿云。

那么，是谁杀死了唐主任呢？在警察林家栋的不断跟踪下发现，一开始以为是连阿云，但是连阿云死了，然后林慧也主动自首承认，是自己杀死了唐主任。

但是林家栋在最后的调查中发现，林慧虽然承认杀死了唐主任，但是并没有在唐主任死时出现了案发现场，原来是唐主任的女儿，由马思纯饰演的小诺杀死了唐主任，实际上唐主任的女儿并非亲生，是姜紫成和林慧的私生女，在知道真相后，唐主任不允许小诺离开自己，去和姜紫成他们到香港团聚，并且要举报姜紫成杀死了连阿云，年少冲动的小诺亲手把自己的养父唐主任推下了楼。

唐主任虽然一路官运亨通，有权有势，但是自己的老婆却和自己30年的好友搞上了，被戴了绿帽子就算了，女儿也是替别人养的。

姜紫成虽然大富大贵了，但是却失去了最好的家庭和爱人，最后只能偷偷摸摸的搞小动作，也得悲剧的开始，与好朋友分崩离析。

林慧虽然有一个当官的老公，一个富商的情人，但是却夹在两人之间，无法脱身，一边是老公的家暴，一边是情人的索取。

而连阿云，从台湾跟着姜紫成来到大陆后，也是被无情的抛弃，剩下的只有利用，最后走上了绝路。

唯一的幸存者小诺，虽然不在纠葛中心，却一直被母亲、养父和亲生父亲的纠葛所影响，性格怪癖，最后也是挺而走险，亲手把养父推下了楼了。

或许这正应了片名《风中有朵雨做的云》，这个电影里，每个人都犹如天上的云一样美，大官、大富翁，但是却摆脱不了命运，就像云一样，随风飘摇，稍纵即逝，又有谁是自由的呢？